自然发酵乳的制作和饮用有数千年的历史,已成为世界各地牧民日常饮食的重要组成部分,其中蕴藏的微生物资源经历了数千年的自然选择和进化,形成了稳定且可遗传的生境微生态。但目前对于自然发酵乳制品中微生物群体基因组的研究尚未全面,从基因组角度阐明不同分离源菌株之间的功能多样性研究亟待开展。本文以采集自巴基斯坦地区的10份自然发酵酸牛奶为研究对象,通过纯培养方法进行菌种分离鉴定,并对其中优势菌种嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)进行Fulvestrant使用方法比较基因组分析,结合NCBI数据库中发布的部分菌株的全基因序列,解析该菌种的基因组特征。阐明巴基斯坦地区自然发酵乳中乳酸菌菌群结构的同时,从功能基因角度揭示不同分离源嗜热链球菌的基因组多样性。结果如下:(1)采用纯培养方法从10份酸牛奶中分离获得154株乳酸菌,利用16S r RNA基因序列同源性比对及系统发育关系进行菌种鉴定,结果显示154株乳酸菌属于5个属,16个种。分属为链球菌属、乳杆菌属、乳球菌属、双岐杆菌属和葡萄球菌属。其中,优势菌种为嗜热链球菌,占总分离株的19%。(2)73株嗜热链球菌平均基因组大小为1.81±0.29 Mb,平均G+C含量为38.92±0.54%,预测基因数量为1884±398个。不同分离源菌株基因组大小、G+C含量与预测编码基因均有显著差异。构建其核心基因-泛基因集表明,该物种基因组属于开放型基因组,核心基因集的功能以碳水化合物代谢、蛋白质翻译和核苷酸代谢为主。(3)基于178个核心基因构PF-6463922分子式建了73株嗜热链球菌的系统发育树和平均核苷酸一致性(Average Nucleotide Identity,ANI),结果显示,73株嗜热链球菌划分为5个进化分支,ANI值显示该菌种同源性较高,均高于95%,依据ANI聚类热图和核心基因系统发育树可知嗜热链球菌进化关系具有地域相关性和分离源相关性。(4)功能基因组学分析结果表明,不同分离源菌株之间功能基因存在显著差异。发酵乳分离源菌株与其它三个分离源菌株存在显著差异,主要差异体现在预测基因数量、碳水化合物活性酶利用等方面。菌种基因组功能预测显示,发酵乳分离源菌株在氨基酸代谢、信号转导、胞外多糖等相关功能基因数量方面显著高于其medical model它三个分离源菌株。不同分离源菌株特异基因差异体现在氨基酸代谢、各类单糖特异性运输及CRISPR-Cas防御机制等方面;综上,本文利用纯培养技术分析了巴基斯坦地区自然发酵乳中的乳酸菌菌群结构,并且系统探究嗜热链球菌基因组多样性,为嗜热链球菌的开发与利用提供理论依据。