甘蔗线条花叶病毒(sugarcane streak mosaic virus,SCSMV)是近年引起我国南方甘蔗花叶病的主要病原。本研究通过RT-PCR测定了一份来自云南省开远市甘蔗花叶样品(YN21-1)的全基因组序列。通过对YN21-1与NCBI数据库中其他15条SCSMV分离物氨基酸序列进行分析,重新确定了SCSMV蛋白酶识别位点。一致率分析表明,YN21-1与ID的核苷酸一致率最高,而与JP2的氨基酸一致率最高。SCSMV 11个蛋白的氨基酸序列分析表明6K2最保守,而P1变异最大。核苷酸及氨基酸序列的系统发育分析表明16条SCSMV分离物聚类为2个组kidney biopsy,所有中国分离物聚于同Gefitinib小鼠组,且YN21-1与中国云南和海南的分离物亲缘关系较近。重组分析表明,YN21-1分离物中并未发现明显的重组位点,但ID是HN-YZ49和YN21-1的重组BMN 673配制体。选择压分析表明SCSMV 11个蛋白的d_N/d_S值都小于1,均处于负选择。研究结果可为甘蔗线条花叶病毒的监测及流行提供理论指导。