目的 了解长沙市医疗机构与县级疾控机构在疟原虫镜检中的判定能力，为进一步提升疟原虫检测能力提供依据。方法 通过中国疾病预防控制信息系统收集2018—2023年长沙市疟疾样本的虫种鉴定数据，并以省级复核结果为“金标准”，分析各级、各类实验室疟原虫虫种判定能力的差异。结果 2018—2023年，长沙市疾病预防控制中心复核并确认疟疾病例血样212份，同省级复核结果完全一致。212份血样中，检出恶性疟原虫143份、卵形疟原虫29份、间日疟原虫28份、三日疟原虫10份、混合感染2份。医疗机构和县级疾控机构虫种判定总体符合率分别为95.75%（203/212）和97.64%（207/212）。不同级别医疗机构间的虫种判定总体符合率差异无统计学意义（χ2=1.61,P>0.05）；医疗机构整体上对不同虫种的判定符合率presymptomatic infectors差异有统计学意义（χ2=50.83,P<0.05），其中恶性疟原虫的判定符合率最高（99.30%），三日LY294002生产商疟原虫判定符合率较低（80.00%），医疗机构未能判出2例混合感染。不同县级疾控机构间的虫种判定总体符合率的差异无统计学意义（χ2=2.76,P>0.05）；县级疾控机构整体上对不同虫种判定符合率差异有统计学意义（χ2=37.01,P<0.05），其中恶性疟原虫的判定符合率较高（100.00%），三日疟原虫和混合感染的判定符合率较低，分别为80.00%（8/10）、50.00%（1/2）。结论 长沙市疟原虫实验室镜检能力仍需提升，建议对医疗点击此处机构和疾控机构的薄弱环节开展针对性强化培训和质量监督，提高实验室检测能力。