目的：探讨补中益气汤对自身免疫性甲状腺炎（AIT）小鼠甲状腺组织miRNA表达的影响。方法：选择NOD.H-2h4小鼠共30只，随机分为正常组、模型组、补中益气汤组（BG组），每组各10只。根据分组给予小鼠含0.05%碘化钠水8周构建小鼠AIT模型后，灌胃给药8周取材。观察每组小鼠甲状腺组织病理改变情况，并对每组小鼠甲状腺组织差异miRNA进行实验验证及生物信息学分析。结果：与正常组比较，模型组甲状腺组织炎性细胞浸润明显，血清甲状腺球蛋白抗体（TgAb）水平显著升高（P<0.01）；与模型组比较，BG组甲状腺组织炎症程度减轻，血清TgAb水平显著降低（P<0.01）。与正常组比较，模型组小鼠白细胞介素（IL）-6、IL-17表达显著增高（P<0.01）,IL-1β表达明显降低（P<0.05）；与模型组比较，BG组IL-1β、IL-6、IL-17表达明显降低（P<0.05）。与正常组比较，模型组得到154个差异表达miRNA；与模型组比较，BG组得到112个差异表达miRNA。实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）结果表明miR-326-3p、miR-128-3p、miR-223-5p、miR-141-3p、miR-871-3p、miR-204-3p表达与测序结果趋势一致。基因本体（GO）功能富集于T细胞活化调节、氧化应激、miRNA结合等方面；京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集于磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B(Akt)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶selleck产品（MAPK）信号通路、环磷酸腺苷（cAMP）信号通路等途径。差异miRNAProtein Tyrosine Kinase抑制剂预测得到3个关键基因，果蝇母源抗皮肤生长因子domestic family clusters infections蛋白（Smad3）、Janus相关激酶2(JAK2)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)。结论：补中益气汤可能通过调节6种miRNA干预自身免疫性甲状腺炎。