目的 对2018—2020年黔东南州手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）进行鉴定分析，并对肠道病毒A组71型（enterovirus A71,EV-A71）VP1编码区进行基因特征分析。方法 2018—2020年黔东南州共采集HFMD病例标本2 789份，首先，采用荧光定量RT-PCR初筛肠道病毒核酸，阳性病例标本采用人类横纹肌肉瘤（human rhabd点击此处omyosarcoma,RD）细胞进行病毒分离，对分离到的病毒株提取病毒核酸，经RT-PCR方法扩增VP1编码区核苷酸序列并进行序列测定。使用MEGA 11.0软件构建遗传进化树进行基因特征分析。结果 2 789份HFMD标本中检出EV-A71核酸阳性标本为328份，阳性率为11.8%。从部分EV-71阳性患者的咽拭子及肛拭子中，分离培养获得7株病毒株，其中6株来自于轻症病例，另1株为重症病例，均属于EV-A71基因型C4a基因亚型，分成2个不同的簇。7株EV-A71 VP1序列之间核苷酸和氨基酸同源性分别为89.8%～99.9%和98.0%～99.7%；与BrCr原型参考株间的核苷酸和氨基酸同源性分别为77.1%～78.8%和94.8%～96.6%；并immune phenotype在VP1有18处氨基酸位点Adezmapimod试剂发生变异。结论 2018—2020年黔东南州EV-A71分离株属于C4a基因亚型，多处氨基酸位点存在变异，可导致多条传播链循环。