基于生物信息技术筛选肝硬化铁死亡相关差异基因与中药预测研究

目的:采用生物信息技术筛选与肝硬化铁死亡相关的差异表达基因,并预测具有潜在治疗作用的中药及活性成分。方法:利用美国国立生物技术信息中心平台下的基因表达综合数据库(GEO)收集肝硬化患者基因表达数据集,应用R软件对数据集进行差异化分析,获得肝硬化的差异表达基因集(DEGs);通过FerrDb数据库获得铁死亡相关基因(FRGs),采用蛋白质互作(PPI)网络分析筛选核心基因,并进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。oncology and research nurse通过Coremine Medical数据库查找核心基因对应的中药,通过检索中selleck NMR药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集中药有效活性成分和筛选核心活性成分;使用分子对接验证核心基因与核心活性成分的结合能力NSC125066研究购买。结果:共筛选到与肝硬化铁死亡相关差异表达基因67个,参与了单体代谢过程、细胞对压力的反应、含磷化合物代谢过程等,涉及p53信号通路、谷胱甘肽代谢、FoxO信号通路等,其中沉默信息调节因子1(SIRT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、白细胞介素6(IL-6)、过氧化物酶体增殖活化受体α (PPARα)和核因子红细胞2相关因子2 (NFE2L2) 5个核心基因均在铁死亡通路中高度富集。TCMSP预测得到丹参、枸杞子、黄芩和赤芍等17种中药及β-谷甾醇、豆甾醇、槲皮素、山柰酚4种关键活性成分;分子对接显示,核心基因与关键活性成分结合良好。结论:丹参、枸杞子、黄芩和赤芍等中药含有的β-谷甾醇、豆甾醇、槲皮素、山柰酚成分可以通过调控SIRT1、EGFR、IL-6、PPARα、NFE2L2等靶点来调控铁死亡治疗肝硬化。