目的:运用生物信息学、数据挖掘、分子对接等技术,筛选出介导细胞自噬、细胞焦亡、铁死亡干预肝癌的基因靶点、化合物、中药及中药规律。方法:从TCGA数据库下载肝癌的表达数据,使用R软件“DESeq2”程序包进行差异分析。通过HADb、GO、GeneCards、FerrDb等数据库及文献查找收集细胞自噬、细胞焦亡、铁死亡相关基因。提取三种程序性细胞死亡(programmed cell death,PCD)的差异表达基因,并进行GO、KEGG、GSEA富集分析。将三种PCD差异表达基因上传至TCMSP数据库中匹配化合物,根据ADME参数筛选标准及Lipinski原则筛选出有成药性的化合物,运用Cytoscape构建“基因-化合物”关联网络,并筛选出核心化合物。依次将三种PCD候选化合物上传至TCMSP数据库收集关联的中药,使用Cytoscape计算关联度最高的中药。接着将中药数据导入中医传承计算平台V3.0进行用药规律计算分析,依次进行四气统计、五味统计、归经统计、功效统计。为了进一步验证核心靶点与核心化合物之间的结合可信度,并探索新的药物靶点组合,运用Auto Dock对核心靶点、化合物进行分子对接验证。结果:共鉴定出90个自噬差异基因、114个焦亡差异基因、124个铁skin biophysical parameters死亡差异基因。富集出PPAR信号通路、花生四烯酸代谢、IL-17信号通路、Fox O信号等通路,及TNFA/VIA/NFKB信号、炎症反应、缺氧反应、γ-干扰素等基因集。根据筛选标准鉴定出92个自噬化合物”、268个焦亡化合物、291个铁死亡化合物,对“基因-化合物”互作网络进行拓扑分析筛选出核心化合物,有槲皮素、木犀草素、隐丹参酮、漆黄素、汉黄芩素等、山柰酚等。通过TCMSP数据库收集到335味自噬关联中药、249味焦亡关联中药、274味铁死亡关联中药,运用Cytoscape软件依次构建三种PCD的“基因-化合物-中药”关联网络,通过拓扑分析筛选出高度值中药,有丹参、半枝莲、败酱草Z-VAD-FMK说明书、百部、延胡索、夏枯草、甘草、黄芩、降香、柴胡等,这些中药可作为该调控网络中的关键药物。中药调控三种PCD干预肝癌的用药规律分析显示,四气规律以寒性、温性、平性为主,五味中苦味、辛味、甘味药物出现次数较多,药物归经依次为肝经、肺经、肾经、脾经、胃经等,药物的功效分布以清热解毒类、补虚类、活血化瘀类、解表类药物为主。分别纳入22个基因靶点、11个化合物配体,总计123组分子对接结果显示,结合能均小于-5 kcal/mol,其中HMOselleck NMRX1、MMP1、DRD4、AKR1C3、隐丹参酮、丹参酮ⅡA、槲皮素与其它分子间有显著的结合活性。结论:本次研究系统的分析了中药调控三种PCD与肝癌之间的作用关系,结果表明,有多味中药能介导细胞自噬、细胞焦亡、铁死亡干预肝癌病程,其中涉及多种化合物及基因靶点,分子对接验证了中药靶向PCD靶点的可靠性。本次研究展示了中药调控PCD治疗肝癌的巨大潜力,可为后续的实验研究及临床用药提供一定的参考价值。